Djíbútí hefur verið sett upp af flökkufólki flökkufólks í mörg þúsund ár. Staðbundnir þjóðernishópar sómalska og afar fólksins tóku upp íslam snemma í sögu sinni og voru hluti af Ottóman veldi á níunda áratug síðustu aldar. Eftir þetta höfðu Frakkar áhuga á svæðinu og það varð fljótlega þekkt sem franska landsvæði Afara og Issas.
Árið 1977 fæddist landið Djibouti. Fyrsti forsetinn var Hassan Gouled sem stjórnaði til ársins 1999 þegar fyrstu fjölflokkakosningarnar voru haldnar. Ismail Omar Guelleh varð forseti á þeim tíma. Á tíunda áratug síðustu aldar var landið fast í borgarastyrjöld milli Arars og Issas.
Djibouti hefur enn náin tengsl við Frakka frá nýlendutímanum. Frakkland heldur nokkuð stórum her í landinu. Svæðið er talið strategískt vegna legu þess við höfuð Rauðahafsins.